Здравствуйте.
В последней версии, если окно находится в пределах рабочей области, то она больше не центрируется на окне (при открытии окна или при переходе к нему), как было раньше. Это позволяет избежать смещения рабочей области при работе с окнами. Но возникает другая проблема: окна часто бывают маленькими или с содержимым, похожим на содержимое мнемосхемы и открытие окна без смещения рабочей области может быть незаметным (т.е. окно после открытия сливается с мнемосхемой, его не видно и рабочая область на него не центрируется). Функция мигания в том, чтобы подсветить окно и показать его явно.
В ближайшем обновлении скорее всего оставим мигание только при двойном клике по кнопке окна, или если окно было за пределами рабочей области. А при открытии в пределах рабочей зоны мигание не будет выполняться.