При создании заслонки, после того как Вы выбрали инструмент "Заслонка" - наведите мышь на нужную точку трубопровода и кликните. Заслонка автоматически будет размещена по центру. Более того, если трубопровод вертикальный - заслонка будет автоматически развернута. Размер заслонки также установится соответственно размеру трубопровода. Если же Вы все таки поставили заслонку со смещенными координатами, то это можно исправить - выделив её и нажимая стрелки на клавиатуре с зажатой клавишей ALT (смещение по 1 пикселю).
А в новой версии скады мы подготавливаем текстуры с "правильным" размером для удобного выравнивания, т.е. такой проблемы уже не будет.