Выделение нижнего объекта через Ctrl это неплохая мысль, но есть одно но. Как быть когда объектов более двух.
Сугубо мое мнение. => Так как слой это, по сути, каждый объект. И этих объектов может быть весьма большое количество. Сделать отдельное окно с перечнем всех объектов данной страницы ( или проекта ), окно поместить в меню функций и уже в этом окне реализовать возможность отключения слоя. Сам пункт в меню функций как то подсвечивать при отключенных слоях. Так же можно добавить автоматический сброс скрытых
объектов при перезагрузке редактора
PS
Ребята это конечно хотелки, просто нечто подобное есть в Win CC (только в виде вкладок),по мне очень полезная опция. По сути в вашей SCADA уже все есть для комфортной работы. Это полноценный продукт с огромными возможностями. Спасибо Вам за Ваш труд и понимание.