Здесь нет утраченного функционала, это обычное исправление ошибки и разницы в поведении web/десктоп клиентов. Пропуская клик сквозь объект, программа позволяет вам случайно кликнуть объект в нижнем слое, который вы можете даже не видеть. Это очевидная ошибка, она была исправлена и теперь клики работают также, как в любом другом ПО (так работают все графические редакторы и подобное ПО). Также клики теперь одинаково обрабатываются в разных клиентах.
Если Вы использовали ошибку в каких-то своих целях, то нужно исправить интерфейс, назначить события клика на объекты в верхнем слое, либо вовсе избавиться от перекрытия объектов, или использовать старую версию версию скады с ошибкой.
