Здравствуйте.
Остановка проекта не отключает клиенты от сервера, они ожидают запуска проекта для переподключения, поэтому событий "Клиент отключен" не будет. Если остановить проект, то БД с которой работает проект - отключится и в неё уже не будут попадать сообщения о закрытии клиентов. Все сообщения о подключении/отключении клиентов будут видны только в журнале сервера скады.
Выход пользователя на самом деле выполняется перед деактивацией проекта, но запись об этом не попадает в БД проекта, т.к. БД уже отключена в момент деактивации проекта. В обновление 2.6.11.0 добавили сообщения о выходе всех пользователей при деактивации проекта.