Здравствуйте.
Проверили, при перезапусках проекта компонент "Флажок" корректно отображает значения битов. Если бит переменной в ПЛК имеет значение True, то компонент "Флажок" отображается как включен. Убедитесь, что Ваша переменная не перезаписывается в скриптах скады или в программе контроллера. Убедитесь, что к флажку привязана именно та переменная, которую Вы смотрите в контроллере. Проверьте журнал сервера скады, возможно там имеются какие-либо ошибки или предупреждения. Если разобраться не получается, то вышлите нам на support@simple-scada.com текущую версию проекта из папки "Projects\", и укажите какие флажки/переменные нужно проверить.