Здравствуйте.
Эта ошибка возникает только если какие-то из файлов проекта серьёзно повреждены (либо часть файлов удалена). На практике такая ошибка у пользователей возникала только после размещения проекта в папке, которая синхронизируется с облачным хранилищем (Google Drive, DropBox, Яндекс.Диск и т.п.). В этом случае во время сохранения проекта из-за синхронизации с облаком проект может быть испорчен (т.к. по сути синхронизирующая программа вмешивается в работу редактора). Если есть желание, вышлите проект с которым возникла проблема, возможно проблема связана с чем-то другим.