Здравствуйте.
Simple-Scada 2 корректно работает с флеш-накопителей, включая систему отчетов (хотя об этом не заявлено). В Вашем случае проблема, скорее всего, не в самой флешке, а в ограниченных правах, когда ОС, или стороннее ПО (антивирус/файрвол) блокирует запуск вспомогательных приложений для отчетов. Также убедитесь, что в корне папки "Simple-Scada 2\" присутствуют файлы sscrep.exe и sscrepview.exe. И учитывайте, что в ряде случаев работа скады с флешки может быть медленной.