Обычно заводим несколько пользователей.
"Оператор" - права ограничены в том числе доступ к приложениям. Видит только работающую SCADA, которой нужен OPC.
"Инженер" - имеет возможность менять настройки ОС, вносить правки в конфигурацию arOPC и SCADA.
А в данном случае, из-за того что приложения запускаются из под wine и под каждым пользователем это разные экземпляры со своим набором настроек, реализовать разделение по пользователям прямым и понятным способом не получится.
Видимо придётся под пользователем "Инженер" пользоваться двух часовым периодом и после изменений копировать конфигурацию под пользователя "Оператор", не забывая права на файлы проверять.