На сегодняшний день все случаи связанные с повреждением файлов проекта с которыми к нам обращались, были связаны с синхронизацией папки с проектом с облачным хранилищем. Убедитесь, что папка проекта не синхронизируется с облачным хранилищем (например, Google Диск, Яндекс Диск, DropBox). Если синхронизация нужна, то нужно создать отдельную папку с включенной синхронизацией и периодически копировать в неё новые версии проекта.
Это один из вариантов, с другими мы пока не сталкивались, возможно у Вас файл был поврежден по каким-то другим причинам.