Здравствуйте!
Сообщения архивируются в БД в таблицу `messages_data`. Если требуется очищать все сообщения при запуске проекта, то это можно сделать создав скрипт с типом события (https://simple-scada.com/help/script/event-types.html) "Полностью запущен" и написав такой код:
begin
RunSQL('TRUNCATE TABLE `messages_data`',nil,0); // очистить таблицу сообщений
end.
Скрипт будет выполняться при запуске проекта и будут удаляться все сообщения: те которые добавлялись через скрипты (AddMessage), и те которые были созданы в редакторе (https://simple-scada.com/help/manual/edit-message.html).