Здравствуйте.
Структура таблиц (https://simple-scada.com/help/manual/tablestruct.html) системы архивации v2 значительно отличается от системы архивации v1, поэтому они не совместимы между собой. Если сейчас стороннее ПО работает с таблицами скады версии v1, то для перехода на v2 в любом случае потребуется в стороннем ПО обновить все запросы в соответствии с новой структурой таблиц. Как это удобнее сделать, Вам нужно подумать самостоятельно. Как один из вариантов, можно скопировать требуемый проект и стороннее ПО на другой ПК, переключить проект на версию архивации v2 и далее изменять запросы и тестировать работу на этом ПК.
Пример запроса на выборку архивных данных для переменной с id = 35 из основного слоя:
SELECT * FROM trends WHERE (id = 35) AND (l = 0);